Cesiumのエンティティ格納場所は複数に分かれている。分かれていても構わないが参照等で一箇所に集めておいてくれると処理しやすいのに。
//viewer.entitiesに直接追加した場合
viewer.entities.add( entity );
//格納場所はviewer.entities
console.log( viewer.entities );
//GeoJSONで追加した場合
viewer.dataSources.add( geojson );
//格納場所はviewer.dataSources配下の要素内のentities
console.log( viewer.dataSources.get( n ).entities ); //nはGeoJSON格納順
//複数のGeoJSONをロードしたときはその数だけループする処理が必要